Das Wasserbecken des heutigen Jadebusens war ursprünglich eine von Nieder- und Hochmooren bedeckte Landfläche. Bewirkt durch Meeresspiegelanstieg und Torfabbau, drangen im Mittelalter mehrere Sturmfluten in diese Moorgebiete ein, räumten den instabilen Boden aus und spülten eine als Jade benannte tiefe Abflussrinne zur Nordsee frei. Als kleiner Rest der vormaligen Moore ist noch heute das schwimmende Sehestedter Außendeichsmoor vor dem südöstlichen Seedeich des Jadebusens verblieben.
Seine durch Meereseinbrüche verursachte größte Ausdehnung erlangte der Jadebusen mit der Antoniflut 1511, deren Wassermassen, neben bereits mit der Weser verbundenen Meeresarmen, das Land weit nach Westen überschwemmten, wobei etliche Siedlungen im Jadebusen untergingen.
Der niedrig gelegene fruchtbare Küstensaum der Marschen wurde sukzessiv durch immer höhere Deiche geschützt und durch Landgewinnung erweitert mit neuen Poldern, die regional hier als Groden bezeichnet werden. Während der Jadebusen als Aufnahmebecken für das im Gezeitenwechsel durch die Jade strömende Seewasser zur Sicherung des tiefen Fahrwassers in seiner jetzigen Größe erhalten bleiben muss, sind an der Westseite seiner trichterförmigen Zufahrt, der Innenjade, in der jüngsten Zeit umfangreiche Grodenflächen neu entstanden – begonnen mit dem Heppenser Groden von 1936 bis 1938, folgend mit dem Rüstersieler Groden von 1960 bis 1963 und dem Voslapper Groden von 1971 bis 1974 und schließlich mit dem Hafengroden für den JadeWeserPort von 2008 bis 2012. 2021-22 wurde hier der Heppenser Seedeich im Auftrag des III. Oldenburgischen Deichbandes unter Federführung des Niedersächsischen Landesbetriebs für Wasserwirtschaft, Küsten- und Naturschutz (NLWKN) auf 8,80 Meter erhöht und verbreitert.